磐诺气相色谱仪检测器操作过程中，鉴定器有时受固定相散失及样品中的高沸点因素、易分解及腐蚀性物质的作用而被沾污，甚至不能正常进行任务，因此提出了如何清洗鉴定器的问题。
若沾污的物质仅限于高沸点成分，通常可将鉴定器加热至高使用温度后，再通入载气，就可清除。使用有放射源的鉴定器时加热要多加小心，例如通常以氚源作成的电子捕获鉴定器一般都不能超过200度，此外还应注意加热的温度不能损坏鉴定器的绝缘材料。
如用加热法不适宜，也可以用纯的丙酮等溶液从进样口注入（每次可注入几十微升）进行清洗，这在沾污程度较轻时是有效的。
若以上方法都不能解决沾污问题，应将鉴定器卸下进行较彻底的清洗，先选择适宜溶剂，要既能溶解沾污物又不能损坏鉴定器，用注射器注入测量池进行清洗。
若有条件，用超生波清洗就更现实些，要注意的是：清洗的部分不能用手摸。
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